L'integrità dei fondali e la bellezza del territorio fanno di Ustica un'isola di grande interesse naturalistico. Le due riserve che la proteggono, l'Area Marina Protetta, istituita nel 1986, e la Riserva Orientata, istituita nel 1997, favoriscono una corretta fruizione dell'isola sopra e sotto il mare.

La riserva marina
Prima in Italia, è divisa in tre zone: una zona A di riserva integrale dove, in alcune aree, è consentita la balneazione, occasione unica per familiarizzare con i pesci che anno imparato a non temere l'uomo; nella zona B è consentita la Fotografia subacquea e la pesca sportiva con lenza da fermo e da traina; nella zona C sono consentite tutte le forme di pesca sportiva tranne la pesca subacquea. Un'esperienza assolutamente unica e originale consiste nel percorrere l'itinerario archeologico subacqueo , il primo nel mondo: ad una profondità tra i 10 e i 25 metri un filo di Arianna guida la visita ai reperti, antiche anfore ed ancore, direttamente nei siti di rinvenimento.

La Riserva Terrestre
Percorsi pedinali segnalati agevolano l'esplorazione dell'Isola. Passeggiare immersi nel verde lungo i sentieri del boschetto è un'esperienza ricca di fascino e mistero. Percorrerei sentieri del litorale, a piedi o con l'asinello, ora ai bordi di un dirupo ora sul dolce declino della lava discesa al mare, raccogliere un fiore di cappero, osservare numerose specie di uccelli migratori, suscita emozioni intense.